Para encauzar a los alumnos al logro de los fines educativos y atender la problemática que puedan presentar, se organizó desde su fundación, un área psicopedagógica y un cuerpo de asesores de grupo, que conjuntan esfuerzos con los trabajadores sociales, directivos y personal docente en general, para prevenir y en su caso abatir problemas de aprendizaje y conducta, además de favorecer la estrecha vinculación con los padres de familia.
La estructura organizativa de la Secundaria Anexa está diseñada para lograr los objetivos institucionales que la animan, se pueden considerar dos aspectos fundamentales para la conducción de su quehacer educativo: el aspecto académico y el administrativo que funcionan para ambos turnos (matutino y vespertino) lo cual le da unidad de criterios, continuidad de las actividades y uniformidad de políticas, lo que permite que se desarrolle el enfoque pedagógico de la institución misma.