A pesar de que esta escuela funcionó con gran éxito, los problemas generados en 1929 con motivo de las huelgas en algunas facultades de la Universidad, aunados a la agitación del momento por las proximas elecciones presidenciales, dieron como resultado un enfrentamiento entre las fuerzas públicas y los estudiantes. La Escuela de Educación Física se sumó a la huelga y reanudó sus actividades el 16 de julio de 1929. La autonomía de la Universidad trajo como consecuencia grandes cambios y ajustes en las condiciones de las Escuelas y Facultades y al no poder ajustarse a estos cambios, la escuela desapareció en 1935. Entre los argumentos que dieron origen a su desaparición se cuentan los siguientes:  

1) Del total de egresados hasta la fecha, el número de titulados era mínimo.  

2) Durante el tiempo que funcionó la escuela nunca se cobraron colegiaturas.  

3) La situación política y económica del país en aquel momento.